雖然從蘋果在iPhone 5s開始導入TouchID指紋辨識功能，同時強調指紋識別錯誤機率僅為5萬分之1，說明具有相當高的資訊安全防護效果，但隨著研究人員藉由不同方式成功「欺騙」指紋辨識系統，同時也有越來越多智慧型手機將指紋辨識功能變成標配，似乎讓指紋識別變得不再安全，因此也讓三星、Qualcomm等廠商開始導入全新生體識別防護措施。
根據紐約時報報導指出，由紐約大學與密西根州立大學所組成研究團隊發現，雖然每個人的指紋均有其特別性，因此能以此作為身分識別應用，讓指紋辨識系統判斷是否符合正確身分，但其實在多數指紋特徵裡依然存有部分共同性，使得有心人士將可利用此項特性打造「萬能指紋 (Master Prints)」。
就研究團隊表示，由於多數智慧型手機採用指紋辨識所能感測面積不算大，同時為了提昇識別時的準確率，在登錄過程均會要求多次輸入不同角度的指紋片段資料，以利判斷使用者在不同角度時指紋辨識是否吻合，但如此一來意味指紋辨識器並非比對完整的指紋表面細節，而是以尋找比對相同指紋特徵，藉此判斷使用者身分是否正確。
因此，在多數指紋資料比對找出相同特徵之後，即可製作一組成功解鎖率達60%-65%比例的「萬能指紋」。即便研究團隊是以研究室模擬方式提出此項理論，但若套用在真實犯罪情況中，確實有可能利用電腦運算方式製作一組可順利欺騙識別系統的「指紋」。
根據加拿大卡爾頓大學系統與電腦工程教授Andy Adler說明，雖然只是實驗環境下所得數據，但若套用在真實環境情況，「萬能指紋」或許將造成更大問題，例如使用指紋辨識的Apple Pay、Samsung Pay等支付服務可能變得更容易被攻破。而就紐約大學電腦科學與工程教授Nasir Memon表示，由於識別系統僅取用指紋特徵，加上多數使用者為了方便而在系統內登錄多組指紋資料，因此有心人士即可藉由「萬能指紋」原理，在5次左右嘗試下破解多達40%-50%比例的iPhone。
不過，蘋果回應強調在Touch ID指紋辨識系統同時加入不同安全防護措施，同時說明不正確的指紋資料識別錯誤機率僅為5萬分之1，因此透過偽造指紋達到成功識別機率幾乎微乎其微，而Google方面則未對此研究作任何回應，至於三星已經認為指紋辨識並非絕對安全，因此在Galaxy Note 7到Galaxy S8均開始導入虹膜辨識系統，並且讓使用者能以此配合行動支付使用。
雖然目前越來越多智慧型手機將指紋辨識列為標準規格，同時諸多行動支付服務也均仰賴指紋作為身分識別依據，在目前指紋識別方式已經逐漸無法安全保護使用者個人資料之下，包含三星、Qualcomm等廠商也開始導入其他身分識別方式，例如藉由虹膜辨識作為更安全的身分識別方式，或是搭配聲音識別達成二次認證防護效果，而蘋果先前也曾傳出計畫採用全新生體識別系統，同樣可能藉助虹膜識別方式提昇安全。
以目前安全防護角度來看，所有的系統防護措施均無法保證百分之百安全，最主要的是減少被攻擊機率，或是延長系統被攻破時間，藉此達成被動式防護效果，勤勞地更換密碼、採用複合式密碼文字組合，或是配合二次認證方式才能提昇整體安全。
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