以前動物森友會沒有備份機制，當SWITCH主機遇到維修或是遺失的狀況時，辛苦經營的成果也就同時消失。現在動物森友會最新版本新增了資料備份、還原功能，當玩家開啟備份機制後，在主機休眠且有連接網路的情況下，島嶼的資料就會自動備份至伺服器，不用再擔心資料遺失的問題。不過需要注意的是，動物森友會的資料備份還原只限於SWITCH主機維修、遺失、被盜的情況，需要聯絡任天堂官方，若是玩家自行刪除儲存資料或購買新主機，則無法使用資料還原的功能。但任天堂也曾表示日後將提供島嶼轉移功能，但仍未有確切的時間表。
以「島」為單位 居民有NSO會員即可備份
動物森友會的備份以「島」為單位，只要是島上的任一居民，擁有NSO會員即可備份遊戲資料，不需要是創島帳號。備份時會將所有居民資料一同備份，且同一帳號可以備份不同主機的遊戲存檔，也就是說同一個帳號可以備份不同的「島」。
如果NSO到期，則存檔會保留180天。另外每個島上只能夠有一個用戶進行備份設定，因此若有複數設定者，只有最後設定的玩家儲存資料可以被還原。舉例來說，當1號帳戶停止備份、由2號帳戶開始備份之後，1號帳戶的備份資料將無法恢復，只能夠還原2號帳戶的備份資料。且當下該帳號必須仍為NSO有效會員，否則雲端即便有存檔仍無法還原。
動物森友會備份資格：
- 遊戲版本為1.4.0以上
- 主機連結Nintendo Account
- 有加入NSO會員服務
以備份設定帳號開啟遊戲還原資料
如果想要還原備份過的資料，玩家同樣需要成為NSO會員。在備份還原之前，官方會寄發通知信給設定備份的帳號信箱，玩家需要以備份設定的帳號開啟動物森友會遊戲。在設定之前，玩家可以先確認主機內部沒有動物森友會的遊戲存檔，如果有遊戲存檔的話，需要先將存檔刪除。
資料還原條件：
- 為維修、遺失或被盜情形
- 新主機中沒有動物森友會遊戲存檔
- 主機綁定原有的Nintendo Account
- 需要為NSO有效會員
只開放備份還原 目前尚未提供轉移服務
目前動物森友會只開放資料備份、還原服務，僅適用於SWITCH主機維修、遺失、被盜的情況。如果是購買新主機想要轉移資料，則目前動物森友會尚未提供資料轉移選項，只有傳聞提到近期可能開放。
