薩爾達傳說智慧的再現共有6個迷你遊戲可以遊玩，包含「撿橡子」、「瞌睡道場」、「摘芒果」、「競速奪旗」、「滑翔兜風」、「鼓隆競速」。「撿橡子」是要在時間內撿拾散落的橡子，「瞌睡道場」則是挑戰共16項有時間限制的修煉，「摘芒果」也是在時間內以旋轉的方式摘取芒果，「競速奪旗」騎著馬在時間內收集牧場周圍的旗子，「滑翔兜風」利用能夠飛上天的複製品不落地飛至終點，「鼓隆競速」則是要與鼓隆人比賽看誰最先抵達終點。部分迷你遊戲有不同難度可以選，如果能比限定時間更早完成任務，還能獲得多樣道具獎勵。
「撿橡子」在時間內撿完所有橡子
地圖中共有5個可以遊玩撿橡子的地點，分別在加卜露水域交流之地右側、海拉魯城堡西側城牆外、海拉魯平原最西邊、海拉魯城堡北方的北方教會前、卡卡利科村的西南方。首次遊玩可以獲得20盧比，在時間內完成則會依照地區不同，獲得不同的2項獎勵品，包含力量碎片、心之碎片和冰沙材料。任務道具則需要前往海拉魯平原最西邊遊玩撿橡子遊戲，在40秒內完成就能獲得「捕獸夾」，就可以用於機關技師丹培的相關任務。
進行迷你遊戲「撿橡子」前，可以先去加卜露水域取得複製品「水塊」，並搭配飾品「卓拉蛙鞋」與「青蛙戒指」，在撿橡子時垂直複製多個水塊透過水塊快速游往高處，就能在時間內撿完所有橡子。
「瞌睡道場」共15種修煉 全完成可獲得林克的「綠色衣服」
「瞌睡道場」位在海拉魯平原西北方的卡卡利科村，進入村後往左側走就會看到「瞌睡道場」。道場內一共有15種修煉，包含「束縛之戰」、「邦吉羅的反擊」、「水流競技」、「束縛之戰 風」、「強者集結」、「莫力布林的反擊」、「跨越熔岩」、「麻木黑暗」、「束縛之戰 冰」、「來自天空的反擊」、「束縛之戰 極」、「火與冰的考驗」、「長袍魔法師的宴會」、「強者集結 二」、「強者集結 終」，一開始只能遊玩2種修煉，後面的關卡則需要通關主線劇情後才會逐步解鎖。
每種修煉都需要在時間限制內消滅場中的所有怪物。所有修煉中屬「束縛之戰」限制最多，進入修煉場後無法使用托力的複製能力，也不能喝藥水、冰沙、不能裝備飾品，只能仰賴玩家自身的能力。能夠遊玩的修煉會隨著主線劇情通關逐步解鎖，通過4種修煉就能獲得飾品「一之極」，通過8種試煉就能獲得飾品「二之極」，通過6種修煉就能獲得機關技師丹培的任務道具「傳家寶刀」，通過14種修煉後就能獲得飾品「終之極」並解鎖最後修煉「強者集結 終」，完成全15種修煉後就能得到林克的「綠色衣服」。
在15種修煉中比較困難的包含「水流競技」、「束縛之戰 冰」、「冰與火的考驗」、「長袍魔法師的宴會」。在「水流競技」中玩家要在時間內解決水裡與牆面的怪物，可以先解決吐絲蜘蛛後，利用蜘蛛絲在流動的水上移動。「束縛之戰 冰」則是要躲避場中弗里扎德的視線，複製篝火後遠程複製到弗里扎德旁就能融化怪物，利用此方式清場就不會受到傷害。「冰與火的考驗」和「長袍魔法師的宴會」則強力推薦先取得複製品「萊尼爾」，進入戰場後召喚「萊尼爾」就可以在30秒內完成修煉。
「摘芒果」在時間內閃避荊棘與炸彈摘取芒果
「摘芒果」位置在格魯德沙漠綠中旁，進入桃紅色的帳篷後與NPC對話就能遊玩。首次遊玩後就能選擇種子，種子等同於遊玩難度，3種種子分別是普通種子、精選種子與頂級種子，普通種子土壤只會長出芒果，精選種子則會長出荊棘，頂級種子除了荊棘還有大型炸彈花。選擇精選種子通關就能獲得任務道具「黃金扇子」，可以用於機關技師丹培的支線任務，選擇頂級種子並通關就能獲得服裝「舞者服」。穿上「舞者服」就能增加旋轉範圍，若是要再次挑戰摘芒果就會相對輕鬆很多。
「競速奪旗」騎白馬在牧場附近賽跑奪旗
「競速奪旗」在海拉魯牧場中，解鎖支線任務「英帕的贈禮」後就能騎乘薩爾達的白馬進行迷你遊戲。「競速奪旗」迷你遊戲共有3種賽道可選，分別是短距離賽道、中距離賽道與長距離賽道，遊玩中距離賽道通關後就能獲得任務道具「七色音樂盒」，用於機關技師丹培的系列任務。在40秒內跑完長距離賽道則能獲得飾品「強勢號角」，可增加馬的攻擊力。
進行迷你遊戲前可以先查看賽道結構，長距離賽道有很多轉彎，可以直接從最外面繞節省至少2秒，要注意如果一直按著衝刺馬就會無法轉彎，過彎前要先讓馬的速度慢下來才不會衝過頭。
「滑翔兜風」抓著會飛的複製品飛往終點
「滑翔兜風」在鼓隆城城外最右邊的懸崖旁邊，進行迷你遊戲時先複製會飛的複製品，例如「吹栗子」、「蝙蝠」或任何鳥類複製品都可以，並拿起複製品飛往風口接著下個風口，就能一路飛往終點。首次遊玩通關後，就可以遊玩更困難的路線，通關後就能獲得獎勵。
「鼓隆競速」比鼓隆人還要更快跑回終點
「鼓隆競速」在鼓隆城門口右邊，只要跑得比鼓隆人快就完成。遊玩「鼓隆競速」迷你遊戲可以走捷徑，使用複製品直接跳到從鼓隆城上方，接著立刻往左邊走，就能比鼓隆人還快抵達終點。「鼓隆競速」只有首次遊玩有獎勵，沒有其他難度可挑戰。
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