死亡擱淺2出現的溫泉功能與前作類似，主角只要泡進溫泉，就能在短時間內提升各項能力。首座溫泉在「為母」機構外側，第二座溫泉會由水文學家提示之外，其餘的溫泉位置都必須透過等級2以上的建造機進行探測並挖掘。不過要注意，必須先將該區域連上開若爾網路，否則將無法建造溫泉設施。遊戲中總共有9座溫泉，每座的效果皆不相同。
解鎖挖掘溫泉技能 適時回報能夠獲得有趣禮物
想解鎖建造溫泉功能需要完成一段特殊事件，主角必須先在「為母」機構外的溫泉泡澡，並選擇把桶子戴在頭上，接著會被瞬間傳送至「心人的實驗室」，在那裡與水文學家對話後，即可解鎖建造機的溫泉設施功能，完成此步驟後，便可用建造機探測並挖掘溫泉。解鎖後還能使用「溫泉瞬移」功能快速傳送至不同溫泉，其中「心人的實驗室」是最便利的傳送點。與水文學家互動後還能獲得獎勵，如橘子、柚子、小黃鴨等趣味道具。
9個溫泉的療效：
- 奇蹟之泉：幫助人體排毒、全面強化身體機能。
- 心人溫泉：抑制反胃感，同時加強體力。
- 開若爾泉：提升貨物承載量。
- 治癒之泉：回復體力。
- 消化之泉：促進消化，加強食物和飲品的效果。
- 金屬之泉：把貨物箱放進溫泉，水中金屬就會吸附於表面，修復所有凹痕與裂縫。
- 千里眼之泉：強化感官，提升對周圍事物感知力。
- 充電之泉：泉水帶電流，可為電池充電，對人體也有療效。
- 焦油之泉：增強主角對BT隱身效果。
