Canon 宣布為 2020 年 7 月所發表的 EOS R6 進行升級，推出內部電子系統大改版的 EOS R6 Mark II ，將原本用於 EOS 1D X Mark III 的 20MP 元件換成新一代的 24.2MP 元件，並具備 40fps 連拍與大幅強化對焦能力。
EOS R6 Mark II 預計在 12 月中旬於日本開賣，單機售價為 396,000 日幣(約新台幣 8.6 萬)，搭配 RF24-105 IS STM 為 440,000 日幣(約新台幣 9.6 萬)，搭配 RF24-105 L IS USM 為 550,000 日幣(約新台幣 12 萬)。
EOS R6 Mark II 同樣定位在 EOS R 的基準，最重要的提升是採用全新 24.2MP 的 35mm 全片幅 CMOS 元件，靜態照片 ISO 範圍為 ISO 100 至 ISO 102,400 (可擴展至 ISO 50 - ISO 204,800 )，並具備 40fps 電子快門連拍速度，搭配機械式快門也仍有 12fps 的表現，同時搭載 EOS iTR AF X 對焦系統，大幅提升照片與影片的對焦功能，可感測的主體物件數量也獲得提升。另外機身具備 5 軸防振，搭配指定鏡頭最大可達 8 級補正效果。
此外影像引擎使用 DIGIC X ，強調搭配高解像力的鏡頭時，其細節表現甚至高於 30.4MP 的 EOS 5D Mark IV ，同時還支援指定鏡頭資訊，可進行數位影像校正。
EOS R6 Mark II 也同時是目前 EOS 歷史上具備最高連拍速度的機身，電子快門可達 40fps ，且強調其高速快門捲動現象(果凍效應)與 EOS R6 差不多；另外在 RAW 連拍則可達 30fps 連拍，比即進行 30fps 的自動追焦 0.5 秒前預拍。
EOS R6 Mark II 的 EOS iTR AF X 對焦系統新增包括馬(歸納在動物優先)、火車、飛機(包括噴射機與直升機)、汽車等的辨識功能，針對迎面而來高速移動的列車或是飛機，可將焦點鎖定在駕駛艙的位置；另外針對人像拍攝，可選擇把優先焦點放在左眼或右眼的瞳孔；此外在物件檢測對焦添加自動項目，將會以人、動物與車輛的優先順序排列進行辨識與對焦，更容易進行情境構圖。
錄影部分支援 6K RAW 外部輸出錄製以及 6K 超取樣 4K UHD 錄製格式，當然也包括支援 CINEMA EOS 和 HDR PQ 的 Canon Log 3 等格式，另外也不再受到 30 分鐘的錄影長度限制；其次 EOS R6 Mark II 的錄影也加入如拍照的預錄功能，啟用後可預錄按下錄影鍵前 3 或 5 秒的畫面。
雖然機身設計大致延續 EOS R6 的正統 EOS 數位相機操作邏輯，然而 EOS R6 還是把細部操作進行微調，如把電源與副轉盤同軸排列在機身後方的右上方，原本位於左側的開關位置則改為更常使用的照片與短片模式切換桿，同時香菇頭控制器也調整形狀按壓更順手；後方的可翻轉螢幕為 3.0 吋 162 萬畫素，電子觀景窗為 396 萬畫素、 0.76 倍放大倍率；機身同樣以兩個 SD 卡槽作為儲存媒介，電池與垂直手把則沿用 EOS R6 的 LP-E6NH 與 BG-R10 ，另外 USB 孔除可幫電池充電也可做為持續電源供電。
