薩爾達傳說王國之淚有著比前作更詳細的新手教學劇情，玩家一開始會在初始空島覺醒室甦醒，隨後主線任務會需要玩家前往時之神殿尋找薩爾達公主，但因為勞魯的右手失去了原本的力量，玩家要操作林克在初始空島中尋找神廟，並從神廟中學習技能取回力量。在初始空島中總共會有4座神廟，離開初始空島後玩家會學習4個技能，包含究極手、通天術、餘料建造、倒轉乾坤。
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肉眼就可找到的3座神廟
▲初始空島中的4座神廟位置，剛好就在地圖的4個方位。
第四座神廟在覺醒室中
在初始空島上完成3座神廟的考驗後，就能獲得究極手、通天術和餘料建造，這時候回到時之神殿去，薩爾達公主的意念就會給予第四種技能倒轉乾坤，接著使用普爾亞平板傳送到覺醒室，就可以利用倒轉乾坤抵達覺醒室中上方的洞窟裡，並找到第四座納裘亞哈神廟。
