除了釣魚和抓狼蛛之外，種花也是動物森友會重要的一環，在島上種花可以提高島嶼的評分，增加昆蟲出現的機率，當然也有不少人是單純為了美感，想要種出一些比較特別的花色。動物森友會常見的花種有玫瑰、鬱金香、銀蓮花、百合花、波斯菊、風信子、菊花、三色堇等等，基礎顏色大多可以移植島上原生種，或是從商店購買種子獲得，不過像是藍玫瑰、金玫瑰、鈴蘭這些稀有的花色花種，就需要透過比較複雜的方式栽種。
混種花色需透過栽培養成 種花法以棋盤式為佳
動物森友會的混種花無法從商店購買，除非恰巧滿足了混種花色的栽培規則，不然基礎花色只會複製，不會自行培養出混種花。混種花的栽培概念和現實有點像，透過同種卻不同色的花交配來產生新的顏色。不過，動物森友會中花種的「基因」設計相當複雜，如玫瑰的紅色還可以分成普通紅、一代紅、二代紅之分，這造成稀有花色栽種不易，畢竟紅玫瑰長得都一樣。
依照動物森友會的規則，2朵相鄰的花就會被視為交配，只要相鄰的花旁邊有空格，混種花就會在空格中長出。因此，無論是直向、橫向、還是斜向，都可以栽培出混種花，而為了節省空間以及保持最大效率，種花法以棋盤式最好。
藍玫瑰栽種步驟 成功機率25%
先來介紹最難栽種的藍玫瑰。玫瑰是目前動物森友會裡面顏色最豐富、基因最複雜的花種，而依據網路資料，藍玫瑰的出現機率只有1.6%左右，需要透過二代紅玫瑰互相交配而成。不過，雖然藍玫瑰的出現機率非常低，但在經過眾多網友的努力之後，透過基因排列，找到了一種非常複雜、但是擁有25%成功率的方式。詳細步驟如下所列：
- 購買並且種植白玫瑰、紅玫瑰、黃玫瑰。島上的原生花也可以，商店買最保險。
- 白玫瑰、白玫瑰交配，得到一代紫，機率為25%。
- 一代紫、黃玫瑰交配，得到一代白，機率為100%。
- 一代紫、一代白交配，得到二代紫，機率為25%。
不過因為這步驟也有可能得到一代紫，而非二代紫，兩者長相相同，所以需要進行驗證。將紫玫瑰與黃玫瑰交配，如果3至4輪之間有黃玫瑰，代表其為二代紫，反之為一代紫。因為二代紫與黃玫瑰交配之後，連續3輪沒有黃玫瑰的機率僅為12.5%。 - 二代紫、二代紫交配，得到二代白，機率為25%。
- 紅玫瑰、紅玫瑰交配，得到黑玫瑰，機率為25%。
- 二代白、黑玫瑰交配，得到一代紅，機率為100%。
- 二代白、一代紅交配，得到橘玫瑰，機率為12.5%。若產出紫則為二代紫。
- 二代白、橘玫瑰交配，得到二代紅，機率為25%。若白為二代白。
- 二代紅、二代紅交配，得到藍玫瑰，機率為25%。若白為二代白，紅為二代紅。
▲藍玫瑰種植教學影片。
藍玫瑰的栽種方式非常複雜，如果只想要輕鬆碰運氣的話，至異色花島拿到橘玫瑰，直接將橘玫瑰與橘玫瑰交配，有6.25%的機會出現藍玫瑰，也有12.5%的機率得到二代紅。當然，除了以上介紹的方式之外，藍玫瑰還有很多種植成功方法，只是機率都偏低，能不能成功真的要靠運氣了。
金玫瑰栽種步驟：黑玫瑰互相交配、使用黃金澆水器
金色玫瑰的栽種並不困難，只要讓紅玫瑰互相交配產生黑玫瑰，再讓黑玫瑰互相交配，就有機會獲得金玫瑰。不過金玫瑰的出現需要有其他輔助條件，首先是玩家的島嶼要獲得5星評價，且須使用黃金澆水器澆花，才有獲得金色玫瑰的可能。
鈴蘭只在島嶼5星時出現 無法直接栽培
鈴蘭是動物森友會的特殊花種，當島嶼達到5星，處在最完美的狀態時，就有可能出現。鈴蘭沒有辦法透過栽種獲得，目前也只有白色1種顏色。根據玩家提供的資料，大約在島嶼達到5星之後的第3天與第10天會長出鈴蘭，不過還是要看機率，每個玩家不太一定。
以上是特殊花色花種的獲得方式，如果想要抑止花卉生長，可以搭配牆壁、柵欄，或是把它鏟起來放到海灘，避免與其它同色卻不同代的花卉混淆。
