隨著科技進步，台鐵車票不再僅限於車站窗口購買，包括全家或7-11的超商ibon、郵局、網路、或是台鐵App，都能夠進行訂票、取票手續。不過，如果預定行程臨時變更，或是有颱風、火車誤點等符合退票標準的情況，依照不同的訂票流程、信用卡付費等方式，便需要不同的退票方法，手續費費用也是一大問題。因此，本篇整理台鐵退票申請方法，至於台鐵App使用詳細步驟，可參考2019台鐵網路購票App教學懶人包。
超商、郵局取票：發車30分鐘前，至原代售業者處所辦理
如果是在超商或郵局取票，則退票手續需要在發車30分鐘前，至原代售業者處所(也就是同一連鎖超商、郵局)辦理，或是在發車前，至台鐵各電腦售票站辦理退票流程。如果想直接在超商辦理退票，則需使用各門市多媒體機(如ibon)，依操作指示輸入票號，10分鐘內將列印出的憑證單、車票交給店員，取回扣除手續費之後的退票款。
在超商或郵局辦理退票時，原本支付的取票服務費(8元/每張)不予退還，不過退票手續費依照台鐵局規定，待售業者不得另外收取退票服務費。另外，超商或郵局不提供換票服務，如果有換票需求，需至車站窗口辦理。
網路信用卡付款：須憑原購票信用卡辦理退票
使用網路購票，並以信用卡付款、取票完成的用戶，退票須持原付款信用卡，在發車前至車站辦理。如果尚未取票，最遲須於預定車票開車30分鐘前，在付款網站上以「信用卡付款取消」功能完成付款取消程序，不過每張車票會依照與乘車日相距之天數，分階段扣收10元至車票20%的手續費。需要注意的是，使用數位信用卡(虛擬信用卡)付款的用戶，在取出車票後，將無法辦理退換票。
台鐵App訂票：使用系統直接辦理線上刷退
台鐵App之行動票證，退票手續費費用比照一般乘車票計算。如果已完成付款手續，不論是否已取票或分票，皆可使用該系統辦理線上刷退，費用會返還原購票信用卡。不過，如果票券已分票，則須要由該被分票人之載具辦理退票，而未經分票之票證，則限定由原執行分票之手機辦理。退票作業應於票面車次開行時間前30分鐘完成，也可攜帶行動載具至車站窗口辦理。
颱風天退票 須至各車站售票口申辦流程
如果預訂列車在海上颱風警報發布期間，因不可抗力因素，導致列車停駛、未及搭乘或無法搭乘原預定車次列車，用戶可自乘車日起1年內，持未使用之車票至各車站售票口，辦理全額退票，且去、回程車票任一程符合退票規定，即可辦理全額退款。不過，颱風天全額退票僅可在車站辦理，郵局、超商仍須照一般規定；而如果是在海上颱風警報前，辦理退票或網路取消付款，則不論班次是否在警報期間，皆須收取退票手續費。
退票手續費 按距乘車日天數分階段收取
原本台鐵退票手續費為每張13元，後來改成按照與乘車日期相距的天數，分階段收取，與乘車日期越相近，則手續費越高。非對號列車、無座位之對號列車車票無須收取手續費，用戶只須在當日內，持未剪軋之車票，就能向起程站申請退票。
對號列車車票退票手續費(2020年8月5日更新)：
- 乘車日當日退票：每張酌收票價20%手續費，並且不得低於20元
- 距乘車日2至3日退票：每張酌收票價10%手續費，並且不得低於20元
- 距乘車日4至25日退票：20元
- 距乘車日26日起退票：10元
- 去回票：按距乘車日天數分別加總計算
除了颱風天、一般退票需求之外，如果遇到嚴重誤點、冷氣故障、對號座重票等問題，一樣可以申請部分退費。手續費分段收取是為解決多人搶訂卻沒有取票的問題，台鐵也呼籲民眾確實取票、提早退票，以利台鐵班車座次有效使用，也解決熱門搭車時段一票難求的問題。
