NVIDIA 開放 Parabricks 軟體供武漢肺炎研究者使用,盼基於 GPU 運算的基因組定序軟體能加速研究分析

2020.03.20 02:23PM
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照片中包含了新冠肺炎、冠狀病毒病2019、冠狀病毒、2019–20年冠狀病毒大流行、隔離

對於當前日益擴大並在全球肆虐的 COVID-19 新型冠狀病毒引發的武漢肺炎, NVIDIA 也因此取消原定在三月底的 GTC 大會公開的重要消息,不過除了 GTC 相關研討會將以線上方式持續之外,為了讓研究人員能夠加速對武漢肺炎的研究分析, NVIDIA 宣布免費開放 90 天、以基因組分析工具包為基礎的 Parabricks 軟體, Parabricks 可藉由 GPU 進行加速,使分析基因組定序資料提升 50 倍,希望能協助研究員分析病毒。此外 NVIDIA 也積極與雲端服務商、超算中心商討,希望能夠透過雲平台使研究人員建構 Parabricks 軟體,後續降進一步分享可供雲存取的 NVIDIA GPU 與 Parabricks 軟體資源。

Parabricks 介紹

Rapid Genome Mapping 白皮書

目前已經擁有 NVIDIA GPU 的研究者,可直接在線上填寫 Parabricks 的授權申請表,至於使用 Oxford Nanopore 長片段定序資料的研究人員,可以在 GitHub 找到 GPU 加速資料庫,此加速資料庫當中將提供搭載 NVIDIA GPU 加速技術的  Medaka、Racon、Raven、Reticulatus 以及 Unicycler 等軟體。

Parabricks 在去年 12 月甫加入 NVIDIA ,就在今年初遇到如此大型的全球性問題, NVIDIA 也希望能夠利用開放 Parabricks ,使研究員能減少在單一伺服器分析人類全基因組變異點偵測的時間,並將原本的運算時間自數日縮減到一小時內,有助研究者能更快解決全球性的危機,及早掌握遍讀演變與完成疫苗開發。

Parabricks 授權申請: NVIDIA

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